São técnicas usadas para confundir a mente dos adversários desde o uso de ilusões até fazer com que o oponente sinta cheiros, dores e etc. Um ninja controla o sistema de chakra do oponente, o colocando de um jeito irregular, afetando os cinco sentidos e com isso ele consegue fazer com que a pessoa sinta algo que não exista, de dor até visões e cheiros que não existam. É uma técnica avançada que necessita muita inteligência e um controle de chakra preciso. Para sair de um genjutsu é necessário fazer um selo, interromper seu fluxo de chakra e logo depois usar mais chakra do que aquele que está sendo usado em você e falar "Kai". Se isso não funcionar é necessário que alguém que não esteja pego no genjutsu faça isso para você.

Qualquer técnica de combate corpo-a-corpo, podendo envolver o uso de armas ou apenas do corpo. É uma técnica básica, mas se o ninja for bem treinado nessa arte ele pode nem precisar de armas, se garantindo apenas com socos e chutes.

São técnicas variadas como fazer clones, invocar monstros, soltar bolas de fogo e etc. Mas basicamente o que não se encaixa em taijutsu e em um genjutsu é ninjutsu. Com ninjutsu se faz tudo, do mais básico (criar um clone - Bunshin no Jutsu, rank E) ao mais complicado (teleportar-se por grandes distâncias à velocidades altíssimas - Hiraishin no Jutsu, rank S). Mais exemplos: Chidori, Rasengan, Kage Bunshin no Jutsu. Baseado na dificuldade de um jutsu, ele é dividido em seis ranks, de E até S (E, D, C, B, A, S, do mais fraco ao mais forte), sendo que alguns jutsus especiais, como aqueles passados na família ou pelo sangue (Kekkei Genkai), não tem classificação.